截至2019年末，巢湖市共有各级医疗机构428家，其中三甲医院1家，二级以上综合医院3家，二级专科医院1家，市政府直属医疗卫生单位6家，乡镇级医疗卫生单位12家，街道社区卫生服务中心6家，村卫生室161家，社区卫生服务站25家，社会力量举办的医疗机构医院23家、门诊部19家，各类诊所154家，医务室（卫生所）17家。全市拥有卫生机构人员6260人，同比增加4.2%，其中卫生技术人员5364人，同比增长2.5%。卫生机构床位数4123张（不含卫生室、诊所观察床位数）。每千人拥有卫生技术人员5.18人。5岁以下儿童死亡率3.38‰，婴儿死亡率2.41‰，其中新生儿死亡率1.13‰，产妇住院分娩率100%。